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Januar 2118. Chefinspektorin Akane Tsunemori des Amts für Öffentliche Sicherheit, erhält einen Bericht über einen Vorfall auf einem ausländischen Schiff - die Leiche von Professorin Milicia Stronskaya wurde entdeckt. Hinter dem Vorfall steckt eine Gruppe namens "Peacebreakers", eine ausländische paramilitärische Organisation. Sie gilt als eine neue Bedrohung von aussen, die es auf die Forschungsunterlagen der Professorin abgesehen hat, die als "Stronskaya-Dokument" bekannt sind. Zusammen mit Shinya Kogami, einem ehemaligen Flüchtling des Amts für Öffentliche Sicherheit, wird Akane mit einem Fall konfrontiert, der schnell über ihre Erwartungen hinaus eskaliert. Die Stronskaya-Papiere könnten eine Wahrheit ans Licht bringen, die Japans Regierung und sogar das Sibyl-System bis ins Mark erschüttern würden. Es ist diese bisher nicht erzählte Geschichte, die die fehlende Verbindung enthüllt.