Eine Gruppe Wissenschaftler hat in einem geheimen Laboratorium am stärksten Pokémon aller Zeiten herumgetüftelt. Dazu haben sie DNS von dem legendären Pokémon Mew, das im Amazonas-Gebiet lebte, entnommen und zur bio-technischen Herstellung des Mewtwo verwendet. Natürlich haben die Herren Technologen keine Ahnung, wie mächtig ihr Geschöpf ist. Sie werden denn auch vom erwachenden Mewtwo überrascht und zusammen mit ihrem Laboratorium vernichtet. Mewtwo sieht sich in einer ähnlichen Existenz gefangen, wie einst Frankensteins Monster, und er schwört, sich an der ganzen Welt dafür zu rächen.

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